XVIe et XVIIe siècles
But de promenade au temps de Ronsard par les écoliers de l'université de Paris et par les poètes de la Pléiade, le village eut à pâtir des horreurs de la guerre civile. En 1562 et 1567, le prince de Condé, en prenant Paris, fit occuper et piller Arcueil et Cachan par ses troupes.
En 1589, Henri IV vint mettre le siège devant Paris et Cachan à nouveau fut victime de nombreuses dévastations. Cependant, à partir du XVIIe siècle, d'importants travaux furent réalisés avec l'aménagement de la Bièvre, sur tout le territoire de Cachan, jusqu'au faubourg Saint-Marcel, afin d'unifier les dérivations de la rivière.
Interrompus par l'assassinat d'Henri IV, les travaux de construction de l'aqueduc Médicis furent repris par Marie de Médicis. Le pont-aqueduc fut inauguré, en 1613, par Louis XIII, à Cachan, à l'occasion de la pose de la première pierre du grand regard de prise des eaux. Des documents attestent que le château de Cachan était assez vaste à l'époque pour recevoir une centaine de seigneurs et qu'en 1694, outre le château, la ferme attenante, le pressoir et les bergeries, on compte 18 maisons sur le domaine.
Du 16e siècle à l’Empire
À la fin du XVIe siècle, la propriété de l’abbaye de Saint-Germain-des-Prés à Cachan consistait en un très beau parc depuis la route d’Orléans jusqu’à la Seigneurie et en un château. Le château de Cachan fut confisqué lors de la Révolution, mis en vente en 1791 et démoli sous la Restauration.
De grandes transformations eurent lieu à partir de l’Empire. En 1811, le vieux cimetière attenant à l’église paroissiale d’Arcueil fut transféré au sein du territoire de Cachan à l’emplacement de l’actuel cimetière communal. Viabilité améliorée, réglementation des constructions en bordure de Bièvre, moyens de transports modernisés...